Nadleśniczy jednoosobowo kieruje nadleśnictwem, ponosi za nie odpowiedzialność i reprezentuje je na zewnątrz.

Zastępca nadleśniczego odpowiada za całokształt sfery produkcyjnej w nadleśnictwie, kieruje Działem Gospodarki Leśnej i pracą leśniczych.

Dział Gospodarki Leśnej prowadzi całokształt spraw związanych z planowaniem, organizacją, koordynacją i nadzorem prac w zakresie selekcji i nasiennictwa, szkółkarstwa, hodowli lasu, ochrony lasu (w tym ochrony przeciwpożarowej), ochrony przyrody i zagospodarowania turystycznego, łowiectwa oraz innych działów zagospodarowania lasu, urządzania lasu, użytkowania lasu oraz sprzedaży drewna i użytków ubocznych, postępu technicznego i technologicznego. Dział ten prowadzi również sprawy związane ze stanem posiadania i ewidencją gruntów oraz udostępnianiem lasu, a także przygotowuje i obsługuje merytorycznie narady nadleśniczego z kierownikami działów i leśniczymi.

Leśnictwa są podstawową jednostką terenową w nadleśnictwie, w której bezpośrednio prowadzona jest gospodarka leśna. Leśnictwem kieruje leśniczy.

Stanowisko do spraw kontroli zajmowane jest w nadleśnictwie przez inżyniera nadzoru. Inżynier nadzoru kontroluje prawidłowość wykonywania czynności gospodarczych w nadleśnictwie oraz zadania wynikające z ochrony mienia i udostępniania lasu. Wydaje zalecenia w zakresie ustalonym przez nadleśniczego i ściśle współpracuje z zastępcą nadleśniczego poprzez wzajemne konsultacje, zgłaszanie uwag i propozycji.

Główny księgowy wykonuje zadania i ponosi odpowiedzialność w zakresie księgowości, finansów, planowania finansowo-ekonomicznego, analiz, sprawozdawczości, a także organizuje i sprawuje kontrolę wewnętrzną, dokumentów finansowo-księgowych. Główny księgowy kieruje działem finansowo-księgowym.

Dział Administracyjno-Gospodarczy zajmuje się całokształtem spraw związanych z pełną obsługą administracyjną nadleśnictwa, administrowaniem nieruchomościami, sporządzeniem i realizacją planów budowy i zakupów środków trwałych oraz planem remontów w zakresie infrastruktury. Działem tym kieruje sekretarz.

Stanowisko do spraw pracowniczychpodlega bezpośrednio nadleśniczemu. Pracownik prowadzi całokształt spraw kadrowych w nadleśnictwie.

Stanowisko do spraw ochrony informacji niejawnychtakże podlega bezpośrednio nadleśniczemu. Do zadań pracownika należy prowadzenie i nadzorowanie spraw gospodarczo-obronnych, obrony cywilnej, kancelarii tajnej w nadleśnictwie oraz spraw związanych z ochroną tajemnicy państwowej.

Stanowisko do spraw bezpieczeństwa i higieny pracy podlega bezpośrednio nadleśniczemu. Do zadań pracownika należy koordynacja całokształtu spraw związanych z przestrzeganiem przepisów i zasad bhp w nadleśnictwie, analizowanie przyczyn wypadków przy pracy i skutków chorób zawodowych, a także stanu zdrowotnego załogi, organizowanie badań, szczepień i innej działalności profilaktycznej oraz podejmowanie środków zaradczych w tym zakresie.

Posterunek Straży Leśnej jest komórką organizacyjną przy nadleśnictwie, powołaną do zwalczania przestępstw i wykroczeń z zakresu szkodnictwa leśnego oraz wykonywaniem innych zadań związanych z ochroną mienia Skarbu Państwa, będącego w zarządzie Nadleśnictwa. Posterunkiem kieruje Komendant, podległy bezpośrednio nadleśniczemu. Skład osobowy posterunku stanowią strażnicy, bezpośrednio podlegli komendantowi posterunku.

**************************************************************************************************

Powierzchnia Nadleśnictwa Zaporowo wynosi 18 348,30 ha i w jej skład wchodzą poniższe leśnictwa podzielone 211 kompleksami leśnymi o różnych powierzchniach.

leśnictwo Borek wynosi 1600,02 ha i jest leśnictwem usytuowanym w północno-wschodniej części Nadleśnictwa. Leśnictwo położone w Obszarze Natura 2000.

leśnictwo Jarocin wynosi 1337,25 ha.Leśnictwo położone w Obszarze Natura 2000. na jego administracyjnym zasięgu znajduje się prazejście graniczne Grzechotki z Federacją Rosyjską.

Leśnictwo Wyżyny zajmuje powierzchnię 1360,38 ha. Przez jego teren malowniczo meandrują dwie rzeki bogate w rzadką florę i faunę. Jest to rzeka Banówka oraz Omaza. Można tu spotkać ciekawe gatunki drzew posadzone jeszcze na początku ubiegłego wieku przez prof. Schwappacha, które dzisiaj są bardzo często pomnikami przyrody. Na terenie leśnictwa znajduje się również bardzo ciekawy pomnik przyrody, jakim jest olbrzymi głaz narzutowy, z okresu polodowcowego.

Leśnictwo Regity  o powierzchni 1787,92 ha,  dwa  główne kompleksy położone  centralnie pomiędzy wioskami Rogity-Świętochowo-Podleśne-Gronowo. Część północna to głownie lasy olchowe, podmokłe i trudno dostępne, położone w zasięgu lasów NATURA 2000. Na terenie leśnictwa znajdują się dwa pomniki przyrody, gniazduje  orlik krzykliwy. Północno-zachodni obszar lesnictwa to kompleks Plantacji Nasiennych Rosiny.

Leśnictwo Podlipie o powierzchni 1442,67 ha położone jest w Północno- Wschodniej części Nadleśnictwa Zaporowo, na terenie czterech Gmin. Na około 2/3 Leśnictwa znajdują się : "Natura 2000- ostoja warmińska" oraz "obszar chronionego krajobrazu rzeki Banówki", która ma tu swoje źródła. Niedostępność części kompleksów, w tym głębokie jary i wąwozy, sprzyja występowaniu licznych gatunków chronionych flory i fauny, np: orlik krzykliwy, bocian czarny, bóbr europejski. Znaczna część leśnictwa to lasy o różnej kategorii ochronności i unikatowe    siedliska, jednocześnie bardzo trudne w prowadzeniu gospodarki leśnej.

Leśnictwo Lubnowo o powiechni 1232,46ha , podzielone na mniejsze lub większe kępy porozmieszczane wśród pól. Lasy są trudno dostępne, poprzecinane licznymi wąwozami, rowami i  rzeczkami.  

Leśnictwo Dąbrowa o powierzchni 1266,54 ha położone jest wzdłuż rzeki Pasłęki, gdzie 38% powierzchni stanowi Rezerwat "Ostoja Bobrów na rzece Pasłęce". Dużą część leśnictwa stanowią grunty porolne, na których rośnie świerk pospolity ( Picea abies), który jest opanowany w 100% przez hubę korzeni oraz dręczony przez kornika drukarza (Ips typographus). Północna połowa leśnictwa charakteryzuje się kompletnym brakiem infrastruktury (bezdroża i pola).

Leśnictwo Braniewo o powierzchni 1406,58 ha,  rozciąga się na długości 16 km, po obu stronach drodi krajowej K-54, od styku Zalewu Wiślanego z granicą państwa prawie do drogi S-22. W środku leśnictwa położone jest miasto Braniewo, którego mieszkańcy chętnie odwiedzają braniewskie lasy, szczególnie w okresie grzybobrania. Można tu spotkać wiele cennych obiektów przyrodniczych, m. in. 5 drzew "Pomników Przyrody".

Lasy leśnictwa Chruściel o powierzchni 1149,98 ha to w przeważającej części zwarty kompleks przy znacznym udziale siedlisk Lśw, Lw. Teren podmokły, z dużą ilością rowów melioracyjnych, zasiedlonych przez bobry. Powszechnie występuje również łoś.

Leśnictwo Kurowo o powierzchni 1153,58 ha jest zwartym kompleksem leśnym. Jest to teren bardzo cenny przyrodniczo. Znajdują się tu obszary chronione, rezerwat  przyrody „Ostoja bobrów na rzece Pasłęce", Obszar Chronionego Krajobrazu „Doliny Pasłęki" oraz obszary specjalnej ochrony NATURA 2000.  Bogate przyrodniczo drzewostany oraz pomniki przyrody sprawiły, że w leśnictwie Kurowo powstała główna baza nadleśnictwa do prowadzenia edukacji oraz turystyki leśnej. Na terenie lesnictwa Kurowo znajduje się też Szkółka Leśna drzew i krzewów leśnych.

Leśnictwo Myśliwiec położone jest w południowo-zachodniej części nadleśnictwa, obejmuje powierzchnię 1038,25 ha. Podzielone jest na dwa kompleksy.

Część leśnictwa znajduje się w  Obszarze Chronionego Krajobrazu  Rzeki Baudy. Na terenie leśnictwa znajdują się cztery ostoje bobrów. Zainwentaryzowanych jest 10 pomników przyrody.  

Leśnictwo Wilanowo położone jest w północnej części Nadleśnictwa Zaporowo bezpośrednio stykając się z Zalewem Wiślanym. Zasięg terytorialny Wilanowa wynosi 1178,96 ha i przebiega od Zalewu Wiślanego na południe wzdłuż Obszaru Chronionego Krajobrazu Rzeki Baudy. Leśnictwo Wilanowo składa się z kilkunastu kompleksów, podzielonych terenami rolniczymi oraz zurbanizowanymi. Specyfika Leśnictwa Wilanowo przejawia się w swoistości terenu, który jest mocno pagórkowaty oraz licznie poprzecinany ciekami wodnymi.

W 1959 roku utworzony został Rezerwat przyrody Cielętnik. Występuje tu jedno z największych skupisk brzozy niskiej, wierzby śniadej czy fiołka torfowego. Na terenie Leśnictwa znaleźć można ślady pruskiego grodziska średniowiecznego.

Leśnictwo Frombork o powierzchni 1160,61 ha.
Bardzo zróżnicowane pod względem topograficznym. Dużo terenów podmokłych i pagórkowatych. Przez teren leśnictwa przepływa rzeka Bauda i Naruska z jej dopływami, które są siedliskiem dużej populacji bobrów.

Leśnictwo Blizin o powierzchni 1233,10 ha składa się z 7 kompleksów, położone jest w dolinie rzeki Baudy i jej licznych dopływów. Odległość od dwóch skrajnych punktów w linii prostej wynosi 11km. Duże urozmaicenie gatunkowe, zarówno gatunków iglastych  i liściastych.
Siedliska żyzne, wilgotne i brak dostępu wymaga sezonowości prac.